Vesistö- ja maaperäekologia, kaupunkiekologia, ekotoksikologia, bioindikaattori- ja seurantatutkimukset ja ympäristökemia kuuluvat kaikki ympäristöekologiseen tutkimukseen. Ympäristöekologista tutkimustietoa voidaan soveltaa ympäristöongelmien ratkaisemiseksi sekä lajien ja elinympäristöjen suojelemiseksi.